サーバによるとは思うけど、結構長いことFTPクライアントにはFFFTPを使ってましたが
サーバの環境のためもあってか、特に大量のファイル処理では困らされます。
1度に1〜5ファイルくらいならそれほど問題ないんですがそれ以上だと結構プチプチ接続が切れたりしたのでFileZillaを利用してみたらこれは結構よかった


ちゃんとフォルダ同期移動もできるし
何より大量のファイルを処理しても結構安定してるし、処理の成功・失敗がレポートででる。

FileZillaの説明しているサイト

FileZilla−FTPソフト:ツールの紹介